El club es originario de Itagüí, un municipio suburbano de Medellín cuya máxima celebridad es David Ospina, el arquero de la selección en los últimos dos mundiales, y en principio fue bautizado como Corporación Deportiva Ciudad de Itagüí.

Con esa denominación ascendió a Primera División, donde debutó en 2011 con una sonada victoria 2-1 sobre Independiente Medellín. Pero la historia se iba a torcer en 2014. El fundador y presidente de la entidad, un ex futbolista llamado José Fernando Salazar, protestó por el escaso apoyo que recibía por parte de las autoridades locales, y el entonces alcalde de Itagüí, Carlos Trujillo, decidió expulsar a la institución de la ciudad.

Salazar tomó dos determinaciones: cambiar el nombre por el actual de Águilas Doradas y buscar refugio en otro lado. Lo encontró en Pereira, la capital del conocido Eje Cafetero situado 200 kilómetros al sur de Medellín (aunque recorrerlos en auto implica casi 5 horas de viaje). El Deportivo Pereira se encontraba en Segunda y llevar el fútbol grande a la ciudad pareció una buena oportunidad para ganar adeptos. La realidad fue muy diferente. Los hinchas le dieron la espalda al recién llegado y la experiencia resultó frustrante, por lo que en 2015 se decidió volver a Antioquia.

La ciudad de Rionegro, ubicada a 2.100 metros sobre el nivel del mar e histórica porque fue donde se redactó la Constitución colombiana, le abrió los brazos al club errante, que así encontró su lugar en el mundo, al menos hasta ahora. En enero de 2016 el club pasó a llamarse Rionegro Águilas Doradas e incluso cambió su camiseta del dorado al rojo, color de la bandera local.

Ajeno a tanto vagabundaje, el equipo mientras tanto se afirmó en Primera y logró hacer buenas campañas. De hecho, la actual es su quinta participación en Copa Sudamericana (alcanzó los cuartos de final en 2013). Pero las cosas empezaron a torcerse a partir de 2017, cuando acabó último en el Torneo Finalización. El sistema de descensos en la Liga colombiana es semejante al argentino, y el actual promedio de Águilas Doradas es el segundo más bajo, por lo que tendrá que jugarse su permanencia entre los grandes en el certamen que arrancará en julio.

La Copa Sudamericana aparece así como un bálsamo para el conjunto que ahora dirige Eduardo Cruz. De su mano logró superar la primera fase venciendo por penales a Oriente Petrolero de Bolivia (1-1 en ambos partidos) y mejoró un poco su rendimiento, con dos triunfos y dos empates en sus últimos cinco encuentros. Jáder Obrian, volante ofensivo que se mueve por derecha es la figura del equipo. Fue el máximo artillero en el Apertura con 6 tantos, y también señaló el gol del empate en Santa Cruz de la Sierra. Gracias a su grito, Águilas Doradas pasó de ronda y ahora se convirtió en el nuevo y curioso obstáculo que deberá afrontar Independiente a partir de la semana que viene en su periplo por la Sudamericana 2019.

Rionegro Águilas no juega un partido oficial desde el 5 de mayo cuando acabó la etapa regular de la Liga Águila y rescató un empate 1-1 ante Millonarios en El Campín de Bogotá.

El club colombiano, que avanzó a la segunda fase de la Sudamericana 2019 tras ganar en la tanda de penales a Oriente Petrolero en Bolivia, finalizó como penúltimo del campeonato y llega en plena transición tras el despedido de Ever Hugo Almeida y la salida de jugadores como el centrocampista Elkin Blanco y al delantero paraguayo Víctor Aquino

Los 11 de Rionegro Águilas serían: Delgado; Muñoz, Lopera, Ramírez, Angulo; Rodríguez, Contreras, Obrián, Otálvaro, Gómez, Lloreda.