Debutó en Primera el 5 de diciembre de 2016 en la victoria de Independiente por 1 a 0 frente a River Plate, bajo la dirección técnica de Gabriel Milito. A partir de allí disputó los 18 partidos restantes del campeonato como titular y en ninguna ocasión fue reemplazado. El defensor mejoró su contrato y el que quiera comprarlo deberá desembolsar 20 millones de dólares.
Así como también se acordó con el central, Bustos tendrá vínculo con el Rojo hasta 2022 y la cláusula de salida es de 20 millones de dólares